El Cóndor, gigante de las aves voladoras y símbolo mitológico de las más antiguas civilizaciones andinas, es el gran personaje dueño y señor del Cañón del Colca. El cóndor tiene el dominio absoluto del imponente cañón. De gran tamaño, de 2,80 a 3,25 m de envergadura, con 10 a 12 kg de peso, es un ave que ha logrado una asombrosa eficiencia de vuelo utilizando las corrientes de aire para un perfecto planeo, que casi sin movimiento de alas puede desplazarse en largos recorridos y a grandes alturas. Se alimenta de animales muertos, es decir, es carroñoso y no puede coger ni transportar sus presas por no tener las patas apropiadas como el águila o el gavilán. Alimenta a sus polluelos por regurgitación. Anida en rocas escarpadas e inaccesibles; pone de uno a dos huevos de 11 cm de longitud y 7 de ancho; su incubación dura más de dos meses.
Los jóvenes cóndores son de plumaje pardo y aproximadamente a los ocho años de edad cambian a negro. De adultos tienen el característico collar blanco y manchas también blancas sobre las alas. Sólo el macho posee la cresta carnosa y en cautiverio llega hasta los 50 años de edad.
El cóndor es de importante significado. Así lo demuestran las abundantes representaciones mitológicas desde épocas pre incaicas o símbolos nacionales en los escudos de Chile, Bolivia, Ecuador y Colombia. Sin embargo, es curioso que sobre el mismo se conozca muy poco. No existe todavía una evaluación de su población y muchas de sus costumbres son todavía desconocidas.
Si bien esta gran ave se encuentra en casi todos los Andes, inclusive en la costa, son pocos los lugares como en el Colca donde su presencia es constante y con posibilidades de observarla en vuelo a corta distancia. Muchas veces por debajo del punto de observación puede apreciarse el plumaje de encima del lomo y las alas. Dada su importancia, el cañón es un "Santuario Nacional" para conservación y protección del cóndor.
El cañón es una impresionante grieta que corre por 100 km entre grandes paredes de 3.400 m en promedio, Sus laderas son pronunciadas, casi verticales. Bajan desde los 5.200 m de la Cordillera de Chila, en su margen derecha, hasta el río, a 3.000 m del inicio del cañón, hasta llegar a los 900 m después de 100 km de recorrido en la confluencia con el río Arndamayo en que se forma el valle de Majes.
Dada la gran pendiente de sus laderas y la escasa precipitación pluvial, es prácticamente desértico. Sin embargo, en algunas quebradas más protegidas y húmedas, con paredes menos pronunciadas, se encuentran muestras de casi todos los pisos ecológicos desde la zona nival, hasta pequeños oasis de clima tropical con abundante vegetación y producción de frutales, como en Tapay. La tuna es muy abundante y de crecimiento natural, así como otros cactus.
Para descender al río y recorrer el cañón hay algunos caminos de herradura con escasos puentes que permiten conectar algunas pequeñas aldeas que existen a lo largo del cañón, como Tapay, Cosnihua, Malata,Llatica. La carretera únicamente llega a los pueblos de Cabanaconde y Huambo, situados en la margen izquierda. Actualmente existe un puente que conecta Cabanaconde con Tapay; otro, aguas abajo de Cabanaconde con Llatica y entre Ajpi y Choco.
